被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着(zhe )对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布(bù )要(yào )对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为(wéi )目标(biāo )而不(bú )断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育(yù )江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓(gōng ) 配音）小刚（上田佑司 配音）刚(gāng )结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世(shì )上最(zuì )强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强(qiáng )训练(liàn )家的邀请。他们很(hěn )痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔(qiáo )伊的医生带领他们(men )来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家(jiā )面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......