突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父(fù )亲碇元渡(dù )叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见(jiàn )到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之(zhī )下，特务(wù )机关NERV的葛成美里将真嗣(sì )救下，并将其带往碇(dìng )元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。　　本已表示拒绝(jué )的真嗣，看到重伤的替补(bǔ )驾(jià )驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命(mìng )令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。　　世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也(yě )开(kāi )始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧(jù )本。