故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为(wéi )校(xiào )长的儿子，碇真(zhēn )嗣（绪方惠(huì )美 配音）感(gǎn )到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出(chū )场的凌(líng )波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来(lái )了翻(fān )天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出(chū )现在动画中。　　动画以《新世界(jiè )福音战士》中的角(jiǎo )色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。